工作了12年公司只缴纳了4年的养老保险合法吗

不合法。依据《社会保险法》，用人单位应为员工缴纳所有社会基本保险。只缴纳4年养老保险违反了法律规定，可能导致员工退休后的养老金待遇受损。
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常见处理方式为协商或仲裁。首先应尝试与单位协商，要求补缴社保；若协商无果，则收集证据向劳动仲裁委员会申请仲裁，以维护自身合法权益。
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不合法，应维权。操作如下：1. 与单位沟通，要求按规定缴纳社保；2. 若单位拒绝，收集工作证明、社保缴纳记录等证据；3. 向劳动仲裁委申请仲裁，要求单位补缴并赔偿损失；4. 如仲裁不满，可进一步提起诉讼。